Épidémiologie des maladies transmissibles

Un article de IMSP - Formation continue.

La particularité de l'épidémiologie des maladies transmissibles est que les cas sont à la fois une conséquence, et un facteur de risque pour d'autres cas. Ainsi, l'exposition peut avoir un effet direct (sur le cas) et un effet indirect (sur d'autres individus de la population).

définitions

période de latence

période s'étendant de l'acquisition de l'infection (transmission) au début de la phase de contagiosité

période d'incubation

période s'étendant de l'acquisition de l'infection au début de la phase symptomatique

selon l'agent, la phase de latence peut être plus prolongée ou plus courte que la phase d'incubation. si la phase de latence est plus courte que la période d'incubation, l'infection peut être transmise avant les premiers symptômes et il est peu probable que l'affection puisse être éradiquée par des mesures de traitement précoce.

|-- susceptibilité --|---- latence ----|-- contagieux --|--- non contagieux -----
|-- susceptibilité --|----- incubation -----|-- symptomatique --|--- résolution (guérison, décès, portage...)
                     ^                  xxxx
                     |
                 infection
                     |------ temps de génération -------|
                     |------ intervalle sériel ---------|

le temps de génération moyen est égal à l'intervalle sériel, soit l'intervalle de temps qui sépare le même stade de la maladie chez deux cas lors d'une transmission sérielle.

virulence

$virulence\ = \frac{nombre\ de\ cas\ de\ maladie\ clinique}{nombre\ total\ de\ cas\ infect\acute{e}s}$

population susceptible

c'est la proportion de la population susceptible à une infection donnée.

Sous certaines conditions, la population susceptible peut être estimée à partir de l'espérance de vie et l'âge à la première infection, si ces valeurs sont connues.

Conditions:

la population est démographiquement stable, sans flux migratoires
l'affection induit une immunité à vie
personne n'a été vacciné dans la population
la maladie est endemique: chaque cas conduit à un nouveau cas

si ces conditions sont toutes satisfaites,

$population\ susceptible\ \approx \frac{\hat{a}ge\ moyen\ d'infection}{esp\acute{e}rance\ de\ vie}$

taux d'attaque secondaire

c'est une mesure relative qui varie selon les conditions des groupes observés.

$taux\ d'attaque\ secondaire\ = \frac{nombre\ de\ cas\ secondaires}{(nbre\ total\ de\ personnes\ expos\acute{e}es) - (nbre\ de\ personnes\ expos\acute{e}es\ non\ susceptibles)}$

cas secondaires

on considère cas secondaires les cas qui se déclarent de la fin de la durée minimale de la phase d'incubation à la fin de la durée maximale de la phase contagieuse plus la durée maximale de la phase d'incubation:

cas co-primaires

Ce sont les cas qui surviennent entre pendant la phase minimale d'incubation, qui ne peuvent donc pas être dus à l'exposition.

|- min. phase d'incubation -| 
|----- cas co-primaires ----|----------- cas secondaires ----------------|-- cas tertiaires ---
|-------- max. phase contagieuse --------|--- max. phase d'incubation ---|

les cas tertiaires et les cas co-primaires ne sont pas comptabilités dans le dénominateur du taux d'attaque secondaire.

taux de reproduction de base

c'est le nombre moyen de cas secondaires produits par chaque cas primaire dans une population totalement susceptible. il est déterminé par le produit de la durée moyenne de la phase contagieuse, le nombre de contacts par unité de temps, et la probabilité de transmission.

$R_{base} = (nombre\ de\ contacts) \times (dur\acute{e}e\ phase\ contagieuse) \times (probabilit\acute{e}\ de\ transmission)$

taux de reproduction net

C'est le taux de reproduction dans une population partiellement immune à l'infection (situation habituelle). C'est le produit du taux de reproduction de base par la proportion de la population qui est susceptible.

$R_{net} = R_{base} \times proportion\ de\ la\ population\ susceptible$

$R_{base} = \frac{R_{net}}{proportion\ de\ la\ population\ susceptible}$

immunité de groupe

C'est la proportion de la population immune vis à vis d'une infection donnée.

$immunit\acute{e}\ de\ groupe\ = 1 - (proportion\ de\ la\ population\ susceptible)$

seuil de l'imunité de groupe

c'est la valeur de l'immunité de groupe qui assure la stabilité de la maladie (taux de reproduction = 1). Si la proportion de population immune dépasse le SIG, la maladie tend à se raréfier. Li la proportion de la population immune est inférieure au SIG, la maladie tend à se répandre.

Le SIG peut être calculé si on connait la valeur du taux de reproduction dans la population:

$seuil\ de\ l'immunit\acute{e}\ de\ groupe\ = \frac{R_{base} - 1}{R_{base}}$

Références

Pour continuer

Notions de base

Introduction Pourquoi R? Prise en main de R Statistiques descriptives en pratique Analyse préliminaire avec R et STATA Analyse graphique avec R et STATA Préparation des données Automatiser le traitement des données Tabulations Caractérisation des observations Les mesures de tendance centrale Les mesures de dispersion Tests de normalité Loi normale Les scores Inférence en statistique Intervalles de confiance La distribution de Khi-deux La distribution de Student Hypothèses et types d'erreur Valeurs de p Comparer deux moyennes Mesures appariées	Épidémiologie Les mesures de fréquence en épidémiologie Risque Relatif et Odds Ratio avec intervalles de confiance Test de khi-carré pour une table 2 x 2 Test exact de Fisher Examens de dépistage, sensibilité, spécificité, valeur prédictive Mesures d'impact pour une exposition Épidémiologie des maladies transmissibles Confusion et modification d'effet Les types d'études Courbes de survie

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